เมื่อวันที่ 10 กุมภาพันธ์ ค.ศ. 1995 เจ้าหน้าที่สืบสวนได้ขุดค้นสถานที่ฝึกและระบุตำแหน่งศพของเหยื่อทั้ง 5 รายได้สำเร็จ ด้วยเหตุนี้อูเอดะจึงถูกตั้งข้อหาฆาตกรรม 5 กระทง และถูกคุมขังเพื่อรอการพิจารณาคดี ในการพิจารณาคดี เขาให้การรับสารภาพ โดยอ้างว่าเขาถูกตำรวจบังคับให้รับสารภาพ[5]

คำกล่าวอ้างของเขาถูกเพิกเฉย และในวันที่ 20 มีนาคม ค.ศ. 1998 เขาถูกศาลแขวงโอซากะตัดสินประหารชีวิต จากนั้นอูเอดะได้ยื่นอุทธรณ์ต่อศาลสูงโอซากะ ซึ่งยึดตามคำตัดสินก่อนหน้านี้เมื่อวันที่ 15 มีนาคม ค.ศ. 2001[5] การอุทธรณ์ครั้งที่สามและเป็นครั้งสุดท้ายของเขาต่อศาลฎีกาก็ถูกยกฟ้องในทำนองเดียวกันเมื่อวันที่ 15 ธันวาคม ค.ศ. 2005 ซึ่งเป็นการสรุปโทษประหารชีวิตของเขา[6] ณ เดือนกรกฎาคม ค.ศ. 2022 อูเอดะยังคงอยู่ในโทษประหารชีวิตเพื่อรอการประหารชีวิต